SEJARAH DESA YAYASAN 

Setahun sebelum kemerdekaan RI atau tepatnya tahun 1944 dalam masa pendudukan tentara sekutu yang di komandai Amerika, maka pusat pemerintahan atau kecamatan di Wayabula di pindahka ke Desa Daeo (bagian timur pulau morotai). Kemudian pada tahun 1951 pusat pemerintah tersebut kembali dipindahkan ke Daruba sebagai wilayah cultural Morotai Selatan. Dalam masa masi berkecamuknya perang dunia ke-II, mula-mula pulau Morotai di duduki oleh tentara Jepang yang kemudian membuka atau membangun lapangan terbang di Daruba guna dijadikan pangkalan militer Jepang dalam peran dunia II tersebut. Namun Daruba setelah diduduki tentara sekutu lapangan terbang tersebut diperluas lagi menjadi pangkalan militer Amerika. Hingga saat ini lapangan tersebut dijadikan pangkalan TNI-AU yang lokasinya di Daruba sebagai wilayah cultural pada masa itu.

Pada tahun 1952 Daruba termasuk wilayah perdangangan ekonomi yang pada waktu itu ekonimo di bindang kopra. Yang kemudian hasil dari kopra tersebut di bawah ke Makasar. Sementara tempat peyimpanan kopra atau gudang yang dibawah dari Irian ke Morotai (Daruba). Desa yayasan di namakan dengan Yayasan Kopra karena waktu itu gudang gudang yang ditempatkan di yayasan dan nama dari gudang tersebut adalah DOKAMIB (Dana Kopra Maluku Irian Barat). Oleh karena itu warga Daruba menyebutkan Desa Yayasan bagian dari anak desa Daruba yang diambil nama yayasan dari nama gudang tersebut. Desa Yayasan tempo dulu adalah Desa Yang Berada Dalam Pemerintahan Desa induk Desa Daruba kemudian di mekarkan menjadi Desa Yayasan,Sebelum di mekarkan Desa sudah mempunyai nama Yaitu Yayasan, karena diambil dari sebuah kelompok atau perguruan yang ada di desa tersebut.

Paska pemekarang dan pemisahan diri dari Desa Daruba Pantai yang sekarang Daruba, Desa Yayasan dipimpin dengan Kepemimpinan pertama Kepala Desa Yayasan adalah Bapak Fahri Hairuddin pada Tahun 2007 sampai dengan 2008.